Die Fakultät für Mathematik und Informatik der Friedrich-Schiller-Universität Jena bietet fünf Masterstudiengänge an, zum Teil in Kooperation mit anderen Fakultäten:
- Theologische Fakultät
- Rechtswissenschaftliche Fakultät
- Wirtschaftswissenschaftliche Fakultät
- Philosophische Fakultät
- Fakultät für Sozial- und Verhaltenswissenschaften
- Fakultät für Mathematik und Informatik
- Physikalisch-Astronomische Fakultät
- Chemisch-Geowissenschaftliche Fakultät
- Fakultät für Biowissenschaften
- Medizinische Fakultät